O, Azərbaycan musiqisinin, muğamın klassik Amerika caz musiqisi ilə sintezini yaradıb. Erkən yaşlarında atasını itirən Vaqif Mustafazadənin tərbiyəsi ilə musiqi müəlliməsi olan anası məşğul olmağa başlayıb. 1963-cü ildə Asəf Zeynallı adına Bakı Musiqi Kollecini bitirərək Bakı Musiqi Akademiyasının tələbəsi adını qazanıb. Burada kiçik konsertlər verib, əsasən, klassik caz, blüz və oynaq mahnılar ifa edib. Vaqif Mustafazadə 1964-cü ildən “Orero” ansamblına, “Qafqaz” caz üçlüyünə, “Leyli” və “Sevil” qadın vokal instrumental və “Muğam” instrumental ansambllarına rəhbərlik edib.
Beynəlxalq caz müsabiqə və festivallarının laureatı olan bəstəkar fortepiano və simfonik orkestr üçün konsertin, "Muğam" simfoniyasının (tamamlanmamış), bir sıra caz kompozisiyalarının və pyeslərin müəllifidir. Vaqif Mustafazadə Azərbaycanın peşəkar caz-muğam tərzində oxuyan ilk qadın - Eliza Mustafazadənin həyat yoldaşı olub. Azərbaycan caz musiqisinin banisi və yeni caz fikrinin təsisçisi olan Vaqif Mustafazadə 1982-ci ildə, ölümündən sonra Azərbaycan Dövlət Mükafatına layiq görülüb. Dahi cazmenin xatirəsinə “Caz əfsanəsi - Vaqif Mustafazadə” adlı sənədli film çəkilib, “Vaqifsayağı” Caz Festivalı təşkil olunub. 1989-cu ildə Vaqif Mustafazadənin ev-muzeyi yaradılıb.